Академия ФК «Зенит» была создана в сентябре 2009 года на базе СДЮШОР «Смена». Деятельность Академии направлена не только на то, чтобы воспитать футболистов для первой команды клуба, но и на предоставление одаренной молодежи Петербурга и Ленинградской области возможности вести здоровый образ жизни, получать всестороннее развитие и готовить себя к взрослой жизни. Не все занимающиеся в Академии смогут стать топ-футболистами, и поэтому нужно стремиться дать каждому молодому человеку возможность встать на ноги и чувствовать себя уверенно в современном мире.

В Академии обучаются юные футболисты в возрасте от 7 лет до 21 года. В каждой возрастной группе занимаются 18–20 футболистов. В структуру Академии входят 12 команд — от «Зенита» U-7 до молодежного состава клуба.

Футбольная часть Академии включает в себя отдел селекции, который осуществляет поиск молодых футболистов в Петербурге, Ленинградской области и по всей стране.

В Академии есть координатор школьного образования и воспитатели. Первый следит за успеваемостью в школе и регулярно информирует директора Академии о результатах обучения. Помимо этого, координатор является связующим звеном между школьными учителями, тренерами и родителями. Воспитатели же помогают ребятам в быту, так как для многих из них переезд в новый город может быть первым случаем в жизни, когда им приходится покидать дом на столь продолжительное время. Со школой у Академии есть договоренность о сотрудничестве, и это помогает организовать эффективный ежедневный график для ребят. Школа выделяет учителей для дополнительных занятий с футболистами, которые пропустили уроки из-за вызовов в национальные сборные или просто нуждаются в дополнительном внимании. Мы считаем, что если родители передают нам своих детей, то мы должны сделать все, чтобы воспитать из них не только высококлассных футболистов, но и образованных и культурных личностей, людей дисциплинированных и ответственных. Родители должны быть уверены, что отдают своих детей в надежные руки.

Для реализации поставленных задач Академия «Зенита» должна сделать всё, чтобы не только распознать футбольный талант в самом раннем возрасте, но и обеспечить контроль над процессом воспитания на протяжении всего периода подготовки юного футболиста. Создавая филиалы Академии в районах города, мы тем самым даем возможность детям заниматься футболом в любимом клубе под руководством квалифицированных тренеров недалеко от своего дома.

В Академии сейчас работают 17 филиалов в разных районах города, Ленинградской и Псковской областях, а также в Башкортостане. В каждом из них созданы группы юных футболистов в возрасте от 5 до 9 лет. Каждый тренер получает руководство по тренировочному процессу и играм, которому он четко следует. Помимо этого, существует график тренерских советов филиалов, на которых обсуждаются игры и действия отдельных футболистов.